Migliaia di prigionieri furono fucilati, o assassinati con iniezioni letali, altri fatti morire di botte, altri ancora di freddo durante i cosiddetti “Totbadeaktionen” (i prigionieri venivano sottoposti a docce gelide finché morivano di freddo e sfinimento o affogavano cadendo). Almeno 10.200 prigionieri furono assassinati per asfissia, una parte nella Camera a gas nel Campo centrale, altri nel castello di Hartheim, uno dei centri di sterminio del ”Progetto eutanasia”, oppure nel Campo di Gusen, rinchiusi in baracche sigillate o in un autobus che faceva la spola fra Mauthausen e Gusen nel quale veniva immesso gas velenoso. La maggioranza dei prigionieri dei Lager però, non sopravvisse allo sfruttamento spietato della manodopera, accompagnato da maltrattamenti, denutrizione, mancanza di vestiti adeguati e di cure mediche. In totale, a Mauthausen, Gusen e negli altri Campi-satellite, morirono circa 100.000 prigionieri, dei quali quasi la metà perì durante i sei mesi precedenti la liberazione.